En 1856, los misioneros franciscanos del Colegio Apostólico de San Carlos se hicieron cargo de la reducción y se nombró cura de Calchines al Padre José María Zattoni, quien informa el estado de la misión y calcula en 3000 el número de indios reducidos. A raíz de ésto pide el establecimiento de un pueblo y representa un plan para su fundación. A fines de 1857, el gobernador Juan Pablo López, ordena el traslado de la misión a San Javier; pero a comienzos de 1860 el gobernador José María Fraga decide que regresen a Calchines. En 1861, mientras la misión luchaba por asentarse, el gobernador Pascual Rosas ordena el regreso de la misión a San Javier pero los indios se revelan y así surgen tres reducciones: San Javier, Cayastá y Calchines. Ese mismo año, el gobernador decide crear pueblos en las reducciones para afianzarlas; surgiendo así el pueblo de Santa Rosa teniendo como base la antigua reducción de Calchines.
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